プロメテウス号による宇宙探査から11年後の2104年。2000人もの入植者を乗せた宇宙船コヴェナント号は植民星オリガエ６を目指していたが、ニュートリノの衝撃波を受けて船長が死亡してしまう。乗組員たちが悲しみに暮れる中、謎の信号が船に届く。信号の発信源を特定したところ、地球に似た環境の星があることが判明。新しく船長に就任したオラムは、亡き船長の妻ダニエルズの反対を押し切って未知の惑星へと向かう。