突然消えた妖怪ウォッチを取り戻すため、向かった先は──なんと！過去の世界!!ある日、寝ていたケータの腕から光を放ち突然消えた妖怪ウォッチ──。さくらニュータウンに現れた超巨大妖怪デカニャンから「このままでは…世界はヤツらのものにニャってしまうでふ。オラッチの友達を助けてくれ…」と頼まれたケータは、手がかりを探しにおばあちゃんの家があるケマモト村に向かう。妖怪ウォッチが消えた謎、そのカギを握る妖怪フユニャンとの運命的な出会い──。そして、妖怪ウォッチを取り戻すため、ケータとウィスパー、ジバニャンとフユニャンはなんと60年前の過去の世界にタイムスリップ！そこで彼らを待ち受ける強大な敵とは!?果して、妖怪ウォッチの行方は!?