カリフォルニア州ミラマー海軍航空基地。そこには、優秀なＦ１４トムキャットのパイロットたちを集め、エリートを養成する訓練学校、通称“トップガン”があった。自信に満ち溢れたマーヴェリックもパートナーのグースとともにトップガン入りを果たし、ライバルたちとしのぎを削る。一方で、マーヴェリックは新任の女性教官チャーリーに惹かれ、やがて恋に落ちていく。だがある日、訓練中の事故でグースが命を落としてしまい…。