ミニオンたちを引き連れて高校の同窓会に出席したグルーは、かつてのライバル、マキシムと再会。彼から命を狙われる羽目になり、妻ルーシー、３姉妹マーゴ、イディス、アグネス、そして新たに生まれた息子グルーＪｒ．と共に新しい町へと移り、正体を隠して暮らしはじめる。そこへグルーに憧れる少女ポピーが接近し、素性がばれそうに！　グルーの危機にミニオンたちはメガミニオンに変身し、みんなでピンチを乗り越えようとする。