超常現象やUFOが絡む謎の事件を描いて90年代に大ヒットしたTVドラマ『X-ファイル』の劇場版第1作目。テキサス州北部の洞窟で少年が謎の黒い液体に接触して絶命。救助に向かった消防隊員も相次いで死亡するという怪事件が発生した。それから1週間後、ダラスで起きた不可解な予告ビル爆破事件。FBI捜査官モルダーとスカリーは、ある男から両事件をつなぐ驚くべき真実を告げられる。