1906年。英軍少佐パーシー・フォーセットはロンドン王立地理学協会に呼び出され、ブラジルとボリビア間の国境を明確にするため測量任務を依頼される。出世目当てで妻子を残しボリビアへ飛んだパーシーは、目的地だったアマゾン川の水源にたどり着き、さらに古代文明の痕跡も発見。先住民から“失われた黄金都市”の伝説を聞かされていたパーシーはその存在を確信し、任務が終わって帰国した後に再調査のためアマゾンへ戻る。