歴史学者であり冒険家のベン・ゲイツは、古美術商ウィルキンソンから衝撃の事実を知らされる。リンカーン大統領暗殺事件の犯人による日記の中に、暗殺の真犯人としてベンの祖先トーマスの名前が記されていたという。祖先に着せられた汚名を返上するため、ベンは真相を究明しようと決意。日記に隠された暗号を解読しながら、天才ハッカーのライリーや破局寸前の恋人アビゲイルら、かつて冒険を共にした仲間たちと調査を開始する。