人類石化の黒幕・ホワイマンが月にいると突き止めた千空は、全ての謎を暴くため『月面着陸計画』を始動！この石の世界（ストーンワールド）で、ゼロから宇宙船を作るビックプロジェクトへと乗り出した。早速、世界中から宇宙船の素材を集めるため、大海原へと飛び出した千空たち。最初の目的地・アメリカに降り立つと、そこにはDr.ゼノ率いる高度な科学王国が存在していた！互いにリーダーを狙いあう科学vs.科学の速攻戦で、Dr.ゼノを捕らえたクロムたち。スタンリーの猛追をかわしながら、次に目指すのは、あの忌まわしき石化光線の発信源――南米大陸!!石化装置“メデューサ”の秘密に挑みながら、全力クラフトでアマゾンを駆け抜ける千空たち。スタンリー部隊の魔の手が迫る中、千空と科学王国の仲間たちは、科学の灯を繋ぎ、ついにメデューサの核心に迫る――!!