かつてコンピュータの支配から人類を解放するため戦った救世主ネオ。壮絶な死闘の末に命を落としたと思われていたが今も生き残っていて、AIが作り出した仮想世界“マトリックス”の中でゲームデザイナーとして単調な日々を送っていた。そんなある日、モーフィアスと名乗る男が現れ、ネオを仮想世界から現実世界へと引き戻す。かつての恋人トリニティも生き残っていることを知ったネオは、彼女を取り戻すため新たな戦いに挑む。