銀河を舞台に、ジェダイとダークサイドの強力な力との戦いを描くサーガの第3章。クローン大戦から数年、ジェダイはクローン軍を率いて、各地でドロイド軍と戦っていた。パルパティーン最高議長を拉致する事件が発生し、オビ＝ワン・ケノービとアナキン・スカイウォーカーが救出に向かい、アナキンの活躍で救出に成功する。だがアナキンはパドメとの秘かな愛とジェダイへの忠誠で悩み苦しみ、シスのダークサイドへ誘惑されていく。