太古の昔、ある惑星に降り立った異星人が黒い液体を飲んで川へと転落し、川の中で分解されたDNAが惑星に拡散される──。それから時は過ぎて西暦2089年。人類の起源について研究する考古学者ショウ博士は、その謎を解明するカギとなる未知の惑星の存在を突き止め、巨大企業ウェイランド社が選抜した調査チームと共に宇宙船で旅立つ。目的の惑星に到着した一行は、現地調査を進めるうちに驚きの事実を知っていく。