夏休みが終わった忍術学園は大騒ぎ！なんと、事務員の小松田さんの手違いで忍たまたちの宿題が入れ替わっていたのだ。一年は組の山村喜三太が当たったのは、六年生用の「オーマガトキ城主のふんどしをとれ」というもの。現在、オーマガトキ城はタソガレドキ城と戦の真っただ中。行方不明の喜三太を探すため、学園長の号令で忍術学園全員が出動する！