秘密研究所アークが何者かの襲撃を受けて壊滅。その中で唯一生き残ったのは、遺伝子操作で超人的なアサシンを養成する“魔女プロジェクト”で実験体となる少女だった。初めて研究所の外へ出た彼女は、心優しい姉弟と出会い、人間らしい感情に目覚めてゆく。しかし、その秘めた力を危険視した“魔女プロジェクト”の創始者ペク総括や、アークを襲撃した超能力者集団、さらに犯罪組織も加わり、少女を巡る壮絶な死闘が幕を開ける。