ルーヴル美術館でソニエール館長が何者かに殺される事件が発生。パリで講演中だった宗教象徴学者ラングドンは、友人である館長の死を司法警察から知らされ、美術館に駆けつける。そして残された変死体がダ・ヴィンチの“ウィトルウィウス的人体図”を模していることに気づく。そんな彼に暗号解読官ソフィーが接近し、事件の容疑者として疑われていることを告げる。疑いを晴らすためラングドンは館長が残した謎を解き始める。