サイゴンのホテルで酔いつぶれていたアメリカ軍のウィラード大尉は、司令部から呼び出され、極秘任務を言い渡される。ある人物の暗殺だ。ターゲットは同じアメリカの軍人で、特殊部隊隊長のカーツ大佐。彼は狂気に陥っていた。上層部の命令を無視し、ジャングルの奥地で現地住民を集めて自分の王国を築いたというのだ。ウィラードは、カーツの王国を目指して前線の奥深くに分け入るうち、様々な“戦争の狂気”を目の当たりにする。