ときは戦国時代。忍術学園に通う乱太郎、きり丸、しんべヱはいつも楽しい毎日を過ごしていた。放課後に課外授業から帰ってくる上級生のお出迎えをしたり、突然、ナルシストな先輩の「弟子」にさせられたり、ある時は、先輩が絆を大事にしようと話し合いをしたり、新学期なのに通せんぼされたり。あとは、委員会の予算に頭を悩ませる先輩がいたり、鍛練のためにお地蔵様になる先輩もいる。そんなてんやわんやな日々を過ごしていても、いつもあかるく、たのしく、ゆかいな学園生活を過ごしている「忍たま」たち。