『劇場版 仮面ライダーカブト GOD SPEED LOVE』のディレクターズカット版。1999年、巨大隕石が地球に落下。その衝撃で全ての海が干上がり、ワームと呼ばれる地球外生命体が地球に侵入。ワームは人間に擬態し、人間社会に侵入を始める。ワームから人類を守るため、秘密組織ZECT〈ゼクト〉はマスクドライダー・システムを開発。選ばれた戦士＝仮面ライダーとしてワームと戦っていたが、7年後、ゼクトから反乱分子〈ネオゼクト〉が誕生する…。