日本警察にスパイが潜入し、イギリスの「MI6」ドイツの「BDN」アメリカの「CIA」等各国の諜報機関、更にはFBIの機密データを持ち出そうとするが、間一髪のところで安室透率いる公安警察が駆けつける。コナン達は、左右の瞳の虹彩色が異なる、通称"オッドアイ"で記憶喪失の女性と出会い、記憶が戻るよう手助けを約束するが―!?“バーボン”として組織に潜入する公安警察の捜査官・安室透が劇場版初登場。興行収入63億円突破というこれまでで最大のヒットとなった。