一人の警察官が死んだ。仇討ちを誓ったもう一人もまた…そしてその死により、消せない記憶を刻まれた刑事がいた―。7年前と3年前に、警視庁の爆発物処理班隊員と捜査一課の刑事が殉職した爆弾事件。それと同一犯によるものと思われる事件が再び発生した。犯人は白鳥警部の車を爆破し、警察への挑戦状かのような暗号文を残す。1200万人の東京都民を守るため、コナンとともに爆弾のありかへと向かう高木刑事。だが、佐藤刑事の脳裏には3年前に同僚の松田刑事が爆死した時と同じ死神の姿が浮かんでいて…!?時は少し遡り、物語は佐藤と高木が互いを単なる同僚以上の存在として意識し始めた頃へ―。刑事だった佐藤の父の命日。連続放火事件を捜査中の高木は、ふとしたことから佐藤の父を死に追いやった事件の真相に気付くが、直後に何者かに襲われてしまう。さらに二人を待ち受ける最悪、最凶の事件とは…!?