シェリーこと灰原哀に組織の魔の手が迫り、最大の危機が訪れる！「パシフィック・ブイ」の女性エンジニアが持っていたある情報を記すUSBメモリが組織の手に渡る。カギを握るのはコードネーム「ピンガ」という組織の一員で…劇場版で黒ずくめの組織が関わるのは第２０作「純黒の悪夢（ナイトメア）」以来。ジン、ウォッカ、ベルモット等主要メンバーをはじめNOCとして潜入しているキール、バーボンも登場する。決して触れてはいけない〈玉手箱〉が開かれたとき、封じ込めた過去がいま、洋上に浮かび上がる―。