さあ、鹿目まどか――その魂を代価にして、君は何を願う？TVシリーズを新たに再編集した劇場版三部作の後編。大好きな家族がいて、親友がいて、時には笑い、時には泣く、そんなどこにでもある日常。見滝原中学校に通う普通の中学二年生、鹿目まどかも、そんな日常の中で暮らす一人。ある日、彼女に不思議な出会いが訪れる。この出会いは偶然なのか、必然なのか、彼女はまだ知らない…。